O Γιάννης Πλούταρχος είναι παντρεμένος εδώ και πολλά χρόνια με τη Μαρία Κακοσαίου με την οποία έχει αποκτήσει πέντε παιδιά, την Κατερίνα, τον Γιώργο, την Ελεονώρα, την Παναγιώτα και τον Κωνσταντίνο.