O Γιάννης Πλούταρχος είναι παντρεμένος εδώ και πολλά χρόνια με τη Μαρία Κακοσαίου με την οποία έχει αποκτήσει πέντε παιδιά, την Κατερίνα, τον Γιώργο, την Ελεονώρα, την Παναγιώτα και τον Κωνσταντίνο.
Ο Γιάννης Πλούταρχος φαίνεται πως έχει περάσει το «μικρόβιο» της μουσικής και στα παιδιά του.