Την τελευταία του πνοή σε ηλικία 74ών χρόνων άφησε μετά από δύσκολη μάχη που έδωσε με τον καρκίνο ο Αλέξης Κούγιας. Ο γνωστός ποινικολόγος νοσηλεύτηκε για 6 ημέρες στη ΜΕΘ ιδιωτικού νοσοκομείου διασωληνομένος και έφυγε από τη ζωή την Παρασκευή 28/2.
Ο Αλέξης Κούγιας μέχρι και το τέλος είχε στο πλευρό του τα παιδιά του, Χρήστο και Μάιρα που απέκτησε από τον γάμο με την Εύη Βατίδου. Αν και αρχικά είχε κρατήσει κρυφή την περιπέτεια υγείας του με τον καρκίνο και από τον γιο και την κόρη του, μετά την αποκάλυψη της μάχης, τα παιδιά του στάθηκαν στο πλάι του και προσεύχονταν για ένα θαύμα.